Para saber a que carpeta apunta un dominio solo debes acceder a tu cuenta cPanel y pulsar sobre el apartado dominios.
Una vez dentro solamente debes ver el apartado Document root o Directorio raíz en el que indica la carpeta a la que apunta el dominio/subdominio.
El dominio principal siempre apuntará a public_html y este directorio no es posible modificarlo. Si deseas saber cómo modificarlo mediante programación te aconsejo leer el artículo ¿Cómo cambiar el document root?.
